双方僵持之际，格鲁派和三大寺的喇嘛四处筹集粮食衣物武器弹药支援准噶尔军队，并动员藏族青年自备武器加入准噶尔军队。
藏军被击溃，拉藏汗与儿子逃回拉萨，躲进布达拉宫。早在准噶尔军队来袭之前，拉藏汗就在赫寿的建议下，在布达拉宫和拉萨周围布下层层防御措施，致使准噶尔军队无法攻入。然而，拉藏汗的手下却为准噶尔军队打开了北城门。
准噶尔军队进入拉萨，占领大昭寺小昭寺，包围布达拉宫，命令拉藏汗投降，交出伊希嘉措。拉藏汗不从。准噶尔军队终于攻入布达拉宫。拉藏汗与儿子们从暗门仓皇逃跑，与途中被准噶尔军队追上。拉藏汗被杀。苏尔扎和色布腾逃至大臣达克家中，却被达克献给大策凌敦多布。大策凌敦多布将二人送到伊犁，并囚禁伊希嘉措，委任达克为第巴，管理西藏事务。
从策划准备到取得西藏，历时三年。准噶尔军队出其不意，以少胜多，在西藏僧侣和贵族的帮助下，漂亮地攻下西藏。大策凌敦多布准备进而进军青海，在青海诸台吉的协助下夺取塔尔寺的噶桑嘉措。
然而，此时青海的形势生了很大的变化。康熙瓦解了青海诸台吉的力量，派安西将军额伦特和侍卫色楞领兵进驻西宁，基本控制了青海全境。康熙早得到准噶尔军队远征西藏的消息，不清楚其真正目的，并未予以重视，还以为拉藏汗会合策妄阿拉布坦的兵力准备去打什么人，直到接到拉藏汗的救援请求，才于第二年春命额伦特和色楞等人统帅西宁和青海各路驻军出征西藏。
清军统帅认为准噶尔军队翻雪山越冰川，千里跋涉而来，人员冻伤，驼马倒毙，加上病死阵亡，战斗力所剩无几，只能趁夜袭营，干点偷鸡摸狗的伎俩，因而心存大意。色楞抢功心切，又一向与额伦特不和。两位主帅因为决定将部队分为两支，各率一路，各走一条路线，议定两路清军在木鲁乌苏会合，然后入藏。四川提督康泰奉命率手下千人从南边入藏，以为呼应。
额伦特率军赶到木鲁乌苏，欲与色楞会师。色楞已于数日前经过此地，渡河翻山，孤军深入。额伦特只好急忙率军入藏。
大策凌敦多布得知清军入藏增援，在那曲一带，集结准噶尔远征军和藏军数万人马，布下包围，派出小股轻骑，引诱清军深入，准备一举歼灭。
色楞中计被引进埋伏。额伦特遭遇准噶尔军队袭击，正好色楞又派人来请他前往会师。额伦特于是拔营，赶往那曲。
额伦特和色楞所率六千清军完全陷入大策凌敦多布精心设计的包围圈。大策凌敦多布将数万人马布兵分两股，一股将清军团团围住，另一股切断了他们的归路。额伦特行军时，沿途未设兵站，留守的少数军队无力前往救援。其他几路军队被准藏联军拦住，无法前进。
长途跋涉疲惫不堪的六千清军冲不出数万人的包围，只得原地筑起防御，等待增援。大策凌敦多布围而不攻，等清军粮尽水竭，自行饿死。围困月余，清军吃完粮食牲畜，全都做了准噶尔人和藏人的刀下鬼。
康泰率部千人入藏，未能与额伦特会合，在拉萨之西被黑帽喇嘛诱杀，手下伤亡惨重。逃出的五百人又被准噶尔军队截获。
康熙次派兵进攻西藏，惨败!七千人的入藏军队，全军覆没!
消息传到北京，朝中大哗，上下震惊。康熙皇帝更是怒不可遏，他对准噶尔和西藏的多方部署，完全失败。更可恨的是，策妄阿拉布坦竟然一直利用敖其尔向他传递假情报，迷惑他的视听，致使他没能及时做出正确的判断。
非我族类，必异我心!敖其尔到底是准噶尔人!可是，楚言呢?她怎会一点不知情?为什么一点消息也没有?康熙怒道：&1dquo;朕封她为靖安公主，她怎敢辜负朕的期望?!”
在场几位皇阿哥面面相觑，心中寒。
四阿哥排众而出，下跪回禀：&1dquo;楚言久无消息。吉日德勒两次试图进入准噶尔，都在阿尔泰地区被阻。儿臣因而派亲信侍卫护送怡安的侍女至喀尔喀。该女在准噶尔长大，对楚言忠诚不2，潜回准噶尔，找到楚言，传回确切消息。早在贺黄两位侍卫逃回报信后不久，楚言就被迁离伊犁，异地监禁。额附阿格策望日朗为了保护楚言以及避免嫌疑，不得不交出兵权，将原率大半人马交给噶尔丹策零指挥。哈尔济朗一直被拘禁在喇嘛集。另外，监视楚言的，正是敖其尔。太后病重时思念她，皇上传召的旨意，根本也没能送到他们手里。”
康熙颓然跌坐。回想起他们上回回来省亲，在行宫的一次次谈话，他不得不承认，他们没有辜负他，是他毁了他们。昨日一去不可挽。康熙打点起精神，环视殿内诸臣：&1dquo;你们看，该怎么办?”
议政大臣们纷纷表示藏地既远且险，不予用兵，不愿再议出兵之事。青海诸台吉对此事态度漠然。被康熙从青海召回北京封为多罗郡王的察罕丹津更建议皇帝撤回松潘等处兵丁，牧马休卒。身在塔尔寺的噶桑嘉措也上述表示&1dquo;随地可置禅榻，兴大兵恐扰众”。
一时间上下内外一片阻战之声。康熙心绪烦躁，召三阿哥四阿哥至畅春园商议。
三阿哥先言：&1dquo;儿臣以为，不宜战，也不必战。”
&1dquo;为何不必战?”
&1dquo;策妄阿拉布坦此番攻打西藏，乃受喇嘛托请，用意在于废伊希嘉措，迎噶桑嘉措坐床。如今拉藏汗已死，伊希嘉措已废，噶桑嘉措身在塔尔寺。皇阿玛只需册封噶桑嘉措为七世达赖喇嘛，则准噶尔军队再无理由留在西藏。策妄阿拉布坦狡诈嬗变，这次出兵先佯称攻打哈萨克，却改道西藏，又称送女儿女婿归藏，却杀了儿女亲家。只因拉藏汗和伊希嘉措不得民心，准噶尔军队得僧侣襄助，贵族内应，藏民拥护，方才有了今日声威。一旦准噶尔兴兵入藏的借口失效，却滞留不去，西藏上下自会认清策妄阿拉布坦背信忘义，出尔反尔的嘴脸。彼时只要七世达赖一道谕旨，令其退兵，不必我们兴干戈，西藏民众自会赶他们出去。”
康熙皱了皱眉，没有说话。三阿哥的说法固然有些道理，却太书生气。楚言一届女子，都看得出来蒙古和西藏接受的游戏规则是弱肉强食，胜者为王，没有那多道义情分可讲。策妄阿拉布坦岂会乖乖退兵?就算退兵，在西藏留下的也是一个亲准噶尔的傀儡政权。噶桑嘉措总有一天要回布达拉宫。到时再被策妄阿拉布坦掌握，用以号令蒙古诸部，老虎添翼，大清的天下还有太平吗?况且，追根寻底，这场乱子起于&1dquo;五世达赖喇嘛”的无上权威，再用&1dquo;七世达赖喇嘛”的无上权威加以解决，康熙心里无论如何不舒服。
三阿哥察言观色，明白皇父并不满意他陈述的这点理由，又道：&1dquo;依儿臣之见，我们应该设法与准噶尔议和，将楚言和哈尔济朗接回京城。”口中说着，眼睛却看向四阿哥，希望得到他的附议。
&1dquo;只要阿格策望日朗储位不失，哈尔济朗迟早会登上汗位。哈尔济朗虽无皇家血统，却也是皇家外孙，自小由楚言教导，必然亲近母族。若不然，也不至于引得喇嘛们非要将他母子分开。待入京之后，让他与皇孙们一同学习，启蒙教化，将来自会心向大清。依儿臣看来，这样的法子，仁以致远，实为上策。策凌与喀尔喀便是先例。”