三代火影猿飞日斩正值壮年，“忍雄”之名令任何人也不敢小觑。
加之木叶名门众多，特别是都号称木叶“第一名门”的日向和宇智波，拥有强大的血继限界“白眼”和“写轮眼”。
白眼完全克制雾隐忍者最擅长的雾隐之术，配合攻防一体的柔拳，让探路的雾忍们苦不堪言。
而写轮眼，则是能够看穿云隐忍者强大的雷遁忍术和剑术，让他们极为自傲的度和剑术折戟成沙。
得益于这两大家族，雾隐村和云隐村在边境上几乎没占到任何便宜，只能选择暂避锋芒，等待更加合适的时机。
……
时光如梭，岁月如梭，数年时间一晃即逝。
木叶39年，砂隐村、岩隐村和木叶终于坐到了谈判桌上，双方讨价还价之后终于达成一致，战争得以平息。
这宣告着第二次忍界大战终于结束。
战争虽然已经结束，但是它带给人们的伤痛也没有这么快平复。
每个忍村的慰灵碑上，又多了许许多多的平凡或者不平凡的名字。
而这些名字所代表的，则是许许多多的破碎的家庭。
强如“三忍”之一的纲手，也在这场战争接连失去了挚爱的弟弟绳树和恋人加藤断。
精神遭受重创的她患上了恐血症，带着加藤断的侄女静音离开了木叶，每天用酒精和赌博麻痹自己，开始了二十多年的沉沦。
而那些仍然留在忍村中的人們，还没有等时间抹平战争给他们带来的伤痛，忍界的局势却再次有了巨大的变故。
砂隐村的三代目风影失踪了。
因为之前的战败，导致风之国大名削减了砂隐村的财政，甚至就连砂忍村赖以生存的忍者任务，也大量外流。
这使得砂隐村内部矛盾重重。
如今三代风影失踪，使得砂隐村群龙无，主战的鹰派高层立刻占据了主动的地位。
在他们的影响下，即将内乱的砂隐村和岩隐村一拍即合，两大忍村再次开启战端，对木叶动了战争。
一直推崇军事扩张并积极备战的雷之国，这一次终于等到了期待已久的机会。
趁着风之国内部空虚之际，云隐村派出大量忍者突袭风之国，一直打到了砂隐村的门口，才被拥有磁遁血继限界的罗砂用砂金击退。
云隐村选择的第二个对手是岩隐村，艾和奇拉比的组合，击败了岩隐村的很多忍者，一路势如破竹。
但是岩隐村的三代土影大野木也不是吃素的。
作风强硬的他直接派出了上万名忍者，不惜伤亡对云隐村的众人进行围攻。
云隐村寡不敌众，为了掩护众人撤退，三代雷影只身对敌，一个人挡住了岩隐村的上万名忍者，最终力竭而死。
三代雷影死后，四代雷影艾上位。
艾成为四代雷影之后，云隐村和砂隐村休战，但因为父亲三代雷影的仇恨，他拒绝了岩隐村的谈判。
云隐村一边和岩隐村作战，一边又对木叶动了战争，掠夺火之国资源补充战争所带来的损耗。
而雾隐村见其他三大忍村都在进攻木叶，自然不会放过这样一个打秋风的好机会。
以忍刀七人众为的雾隐上忍，带领众多雾隐忍者横跨大海，以波之国为跳板进入火之国，与木叶不宣而战。
至此，五大国全部进入战争状态，第三次忍界大战正式开启。