而除了“三管四职”这些室町幕府内部的实力派，足利义持还得面对同出一宗的“鎌仓公方”。
所谓“鎌仓公方”，指的是室町幕府初代幕府将军足利尊氏在开创幕府的时候，为了对抗南朝，不得不把幕府设在京都，而在武家的重心关东，尊氏分封给了自己的儿子足利基氏，治所在鎌仓，是为“鎌仓公方”。
鎌仓公方统辖着关东八国及伊豆、甲斐两国，上述十国的守护大名与关东管领，鎌仓府均有任免权，可以说鎌仓公方就是关东的幕府将军。
同时，鎌仓府的组织与幕府几乎完全相同，有时又被称为关东幕府。
到了足利义持这一代，双方的矛盾已经非常尖锐了，鎌仓公方常有“彼可取而代之”的想法，事实上，如果历史线不走歪的话，再过三十年，鎌仓公方就会出现公然对抗幕府的“永享之乱”，最终兵败，鎌仓公方血脉一时断绝。
所以，幕府内部实际上相当于有两个幕府，一个京都的室町幕府，一个鎌仓公方的关东幕府，两个幕府都是足利氏，但此时经过数代传承加上权力斗争，已经形同陌路。
而京都内部，还有大内（天皇）、花之御所（幕府将军）、御所台（日野康子）、鹿苑院（佛家）等不同立场的派系。
幕府之外，还有各地跟室町幕府从来都不是一条心的实力大名，以及奥州探题、羽州探题、九州岛探题三大探题（约等于大明的总督），再加上那位南朝那位出家蛰伏的后龟山天皇和那些心系南朝的旧臣。可以说，虽然幕府将军足利义持正在巩固自己的权力地位，无暇顾及这些，但这些暗流最终会汇聚成一股巨大的力量，对这个二十岁出头年轻人的统治构成威胁。
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京都西郊，嵯峨大觉寺。
《明德和约》后，南朝交出了代表天皇法统的三件神器，也就是天丛云剑、八尺琼勾玉、八咫镜，在此之后，后龟山天皇就一直生活在这里，以“南主”“大觉寺殿”自称，生活虽然孤寂，后龟山天皇却隐忍坚持了下来。
此时这位已经出家的日本天皇，端坐在精致的佛堂中。
阿野实为、公为父子以及六条时熙等亲近的公卿侍奉在他的身边。
“消息已经确认了吗？”
“确认了。”
吉田兼敦肯定地说道：“相国寺那边的消息，结合了京都的消息，确认无误。”
而另一旁的吉田兼熙则补充道：“而且您的女儿泰子内亲王此前来信，大明的国师有意支持您重登天皇之位，如今足利义满已死，完全可以起事了。”
“嵯峨大觉寺周围监视我们的武士，也都明显被撤走了许多，足利义持的人手应该非常紧张了，他不认为我们能做出什么事情来。”
后龟山天皇听着他们的讲述，心中涌起一股莫名的激动，他恢复南朝的野心从未停止过，而现在，机会终于来临了。
后龟山天皇很清楚，只要足利义满一死，现在朝野的局势必将发生剧变，不仅北朝的后小松天皇不会甘于沦为傀儡，其他势力更是不会服根基尚浅的足利义持，足利义持作为足利义满的继任者将面临无数的麻烦和挑战，而这正是后龟山天皇等待已久的机会。
“不错，即便没有大明的干预，现在也是千载难逢的机会。”
“起事。”
后龟山天皇很快就做下了决定，没有比这更好的机会了，最差的结果，也不会比现在被软禁的状态差，好的结果就是要么恢复南朝，要么重新成为整个日本的天皇，有什么好犹豫的？
很快，后龟山天皇就跟亲信商议决定出奔，秘密临幸南朝的旧都城吉野，他相信只要能够召集起旧南朝的势力，就能够起兵反抗室町幕府的统治，恢复南朝的辉煌。
在夜幕的掩护下，后龟山天皇带领着一行人悄悄地离开了嵯峨大觉寺的寺庙，他们穿过茂密的森林，越过险峻的山峰，历经千辛万苦，终于来到了吉野。
这座古老的都城依然保留着南朝的痕迹，让后龟山天皇感到无比亲切。
回到吉野的后龟山天皇立刻开始召集旧南朝的势力，他向吉野忠于他的豪族和武士发出命令，号召他们响应。
同时，他也派遣使者前往各地联络旧南朝的遗臣和他那些曾经忠诚的支持者，其中就包括他最重要的支持者，北畠氏。
在吉野的日子里，后龟山天皇的生活变得异常忙碌而紧张，他每天都在处理各种政务和军事事务，几乎没有时间休息，但却感受到了久违的亢奋。
而且后龟山天皇也清楚地知道，他的行动已经引起了室町幕府的注意，他必须尽快拥有自保之力，所以他不仅不断地召集兵力，准备迎接即将到来的战争，而且正式派出使者六条时熙向大明求援。
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