如果说袁崇焕之前的所作所为，都有理有据或情有可原的话，那么袁崇焕擅杀毛文龙的举动，就是一个完完全全的错误之举。
东江总兵毛文龙，可以说是一个半兵半匪的小军阀。
但毛文龙以朝鲜半岛西北部的皮岛为中心，构筑了一条封锁后金的海上战线，具有非常重要的战略意义。
有毛文龙在，皇太极就必须分出大量的兵力防备毛文龙，以防与大明作战时，被毛文龙偷家。
为了拉拢毛文龙，大明朝廷即便是觉得他难以驾驭，但还是赐予了他尚方宝剑，给了他相当的自主权。
袁崇焕出任蓟辽督师之后，毛文龙对于袁崇焕的命令执行得并不彻底。
崇祯元年（1628年）底，袁崇焕请求加强登莱海禁。
希望将辽东半岛沿海的航运权和制海权掌握于自己手中。
并通过垄断登莱、天津的运船来往，以此切断东江镇物资供应和经济来源，迫使毛文龙听命。
毛文龙对此极为不满，于崇祯二年（1629年）三月，上书抗议袁崇焕对他的封锁。
朝廷下令袁崇焕解除对毛文龙的封锁，并向毛文龙解释自己的目的，以安抚毛文龙。
没办法，袁崇焕只能被迫派徐琏运送火炮、器械给毛文龙，并向他解释自己这么做的原因。
之后，袁崇焕与毛文龙会晤于海上，但二人的会晤并不愉快。
在这个过程中，袁崇焕以宾客之礼接待毛文龙，但毛文龙由于心里有怨气，并没有表示对袁崇焕的尊敬，这愈的坚定了袁崇焕处死毛文龙的决心。
之后，袁崇焕和毛文龙再次约定于旅顺双岛议事。
袁崇焕带着尚方宝剑和督师印出海，抵达双岛后，毛文龙带着手下的东江将士及女真、蒙古夷丁依次拜见袁崇焕。
原本袁崇焕对此十分满意，但是当听说身毛文龙身边的亲信都姓毛时，袁崇焕对此十分的不高兴。
在之后，袁崇焕向毛文龙所部的东江官兵颁赐赏银，并与毛文龙约定：旅顺以东听毛文龙的，旅顺以西听袁崇焕的。
但此后的行动中，袁崇焕命令毛文龙出兵收复镇江、旅顺两地，毛文龙没有理会。
因此，袁崇焕遂生杀毛之心，六月，袁崇焕假意邀请毛文龙来观看士兵演习。
袁崇焕命令手下的参将谢尚政，提前设好埋伏，等毛文龙进入后，袁崇焕厉声呵斥毛文龙在东江改道问题等诸多问题上的不听号令。
下令逮捕毛文龙，但毛文龙拒绝认罪，袁崇焕于是历数其十二当斩之罪：专制一方、欺君冒功、跋扈不臣、侵吞粮饷、私通岛夷、擅行任免、劫掠商人、好色诲淫、虐待辽民、谄媚魏阉、掩败为功、观望养寇。
最后袁崇焕当着众将士的面说道，“今日杀了毛文龙，本督师若不能恢复全辽，愿偿尔命！”
毛文龙所部的麾下将士，都叩头为毛文龙求情。
毛文龙也察觉到了袁崇焕的杀意，于是他本人也开口求饶。
但袁崇焕深知，开弓没有回头箭，于是袁崇焕拒绝了众将士的求情。
请出了崇祯御赐的尚方宝剑，令水营都司赵可教、何麟图监斩，旗牌官张国柄行刑，用尚方宝剑斩杀了东江总兵毛文龙。
袁崇焕斩杀毛文龙后，将原东江军分为四协，分别以毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛统领。
并任命陈继盛，暂时代管东江镇，并将带来的白银赏给东江官兵，每人得赏银三两。
此外，袁崇焕还亲自到毛文龙棺前焚香祭拜，并表示，“昨日斩尔，是朝廷大法；今日祭尔，是我辈私情。”言罢还当着众人落泪。