当时恰逢清军突袭大明京师，清军一路如入无人之境，竟然一直打到了济南。
然而当时的明军却按兵不动，坐视山东被建奴铁蹄蹂躏。
当时负责监军的内阁辅刘宇亮，与保定总督孙传庭互相指责。
刘宇亮称，他督促孙传庭出兵，而孙传庭拒不出兵。
孙传庭则反驳称，是刘宇亮不敢出兵，并不许他进兵。
除了反驳刘宇亮，另一方面，孙传庭还上疏指责关宁总监高起潜麾下的祖宽也拒不出兵，二者都要要对济南失守负责。
孙传庭的上书得罪了高起潜与刘宇亮，此后二人多次对他掣肘以及弹劾，但尽管有刘宇亮、高起潜的弹劾。
孙传庭在崇祯帝催战的命令下，坚持不轻出、严守备、伺机攻的既定御敌方略，力求不给建奴机会。
最终在东安（今山东淄博市沂源县东里镇东安村）、武清、蓟州、冷口关等处袭击清军，并取得小胜。
后来在连日的行军中，孙传庭生病导致耳聋，孙传庭自知无力继续担任保定总督的重任，于是上疏请辞保定总督，并举荐杨文岳替代。
但这一行为，在崇祯帝看来他是在推诿责任，崇祯帝要求他继续负责领兵，并命兵部派人核实。
经兵部回报属实后，崇祯帝才将他革职，但崇祯帝仍然不放心，派御史杨一儁再去核实。
当时孙传庭驻扎在易州，等待御史杨一儁的再次查勘。
但此时又有保定府的教谕尹三聘举报孙传庭杀良冒功，虽然杨一儁再次核实孙传庭病情属实，并认为尹三聘的告状为诬陷，杨一儁拒绝受理。
但崇祯帝在刘宇亮、高起潜等的影响下，已经失去了对孙传庭的信任。
崇祯帝在得到杨一儁的回报后。依然坚称孙传庭称病“显属欺罔”，并认为杨一儁在包庇他，遂将孙传庭和杨一儁两人一并革职，于崇祯十二年（1639年）派锦衣卫将孙传庭逮捕入狱。
孙传庭就这样，一直在大牢中待了三年。
崇祯帝见到孙传庭后，先是对他勉励了一番，“伯雅（孙传庭字伯雅），此前是朕听信谗言误会了你。
如今大明正值危难时刻，伯雅你可一定要为国效力，替大明剿灭逆贼。”
崇祯帝并没有直接跟孙传庭说，要剿灭的是赵安的安国军，孙传庭还以为崇祯帝说的是农民军。
对于剿灭农民军孙传庭还是十分有信心的，再加上孙传庭已经在大牢中待了三年，他十分珍惜这个来之不易的机会。
为了讨崇祯帝的欢心，再加之对目前大明情况的不了解，孙传庭对着崇祯帝吹嘘道，“陛下勿忧，给我五千精兵，卑职定可剿灭逆贼！”
崇祯帝闻言大喜，虽然他也不清楚孙传庭能不能剿灭赵安，但是孙传庭还唯一一个当着他的面说，只用五千精兵就可以剿灭逆贼的将领。
崇祯帝当即回答道，“好，朕给你一万精兵，伯雅可千万不要在让朕失望。”
“还请陛下放心，如此必然是万无一失。”孙传庭一脸自信的对着崇祯帝回答道。
但是他没有注意的是，在场的文武大臣们，全都用看猴子一样的目光看着他。