回到北海后，对杨奉的能力十分佩服的孔融也趁此时机把北海军权交给了杨奉，就这样，在平定张角之乱后，年仅二十二岁的杨奉开始了在北方的立足。孔融放下了军权之后，每日却也只是处理一些政务，闲时则在家看看书，有时也外出体察一下民情。
杨奉则是每日和太史慈、赵云、武安国等将切磋武艺，操练军队，同郭嘉、田丰探讨天下大势，等待时机，逐鹿中原。并且杨奉又将自己在这里的情况写了封信让人送到汉中，嘱咐阎圃等人暂时全力展汉中、武都两郡的经济，自己短期之内不会回去，会在北方继续展。
杨奉还另外给王绵、褚兰也写了一封情意绵绵的长信，大意是说现在各地盗贼纷起、黄巾再现，甚是不大太平，而且自己在青州还没有真正立足，一旦等黄巾之乱完全平定，自己也在青州有了立足之地，自会接二人前来，要二人不必太过牵挂。
张角之后的各地叛乱虽然分布较广，但是基本上都是各自为战，没有一个统一的领导，并没有形成太大的气候，虽然如此，这次的叛乱也持续到了中平五年。但是，这次的各地叛乱虽然最终也是被镇压了下去，然而足足持续了四年的黄巾之乱对汉室的冲击却是致命的，使得本就被张角之乱抨击的已经不太稳当的大汉的基石变得更加脆弱，再也经受不住任何轻微的碰撞了。
同时，许多地主豪强以黄巾之乱为由，纷纷扩充自己的私人武装，到中平三年的时候，最多的私人武装已经过了万人，已成尾大不掉之势，并且还有的冒充黄巾余孽不断侵扰百姓，夺取财物，令各地百姓苦不堪言。
而且，在黄巾之乱基本被平息的时候，朝廷之中生了一件事情，也就是这件事情的出现彻底瓦解了大汉的独裁统治。
事情是幽州刺史刘焉引的，中平五年，也就是公元一八八年，此时任太常的刘焉见这些年大汉朝的变故较多，便上疏灵帝：“四方之所以出现这些叛乱，是由于各州刺史的权利太小，而且所用非人，以致于离叛。建议朝廷将刺史改成州牧，并选清名重臣以居其任。”
刘焉本为太常，也想谋一个州牧之位，便选择了大汉新开辟的交州。但是，侍中广汉人董扶私下对刘焉道：“京师即将大乱，益州之地却有天子之气，君可去之。”于是，刘焉便改成求益州牧一职。
原本的益州刺史是张乔，但是张乔却在中平三年平定马相之乱之后便得重病死了，之后的益州刺史郤俭却是向灵帝花钱买的官，但是郤俭此人无任何能力，赋敛烦扰，谣言远闻，于是朝廷听从了刘焉的建议，从选列卿、尚书为州牧，各以本秩居任，并且罢免了郤俭，以刘焉为益州牧。
这样，州牧不仅掌管监察，还集各州行政、军事、财政大权于一身，地方的监察官演变为行政长官。刚刚开始的时候确实收到了一定的成效，许多真假黄巾余孽被各地有了军权的州牧剿灭了，片片捷报飞到洛阳，灵帝感到十分满意。
黄巾起义短短几年之中，不但对汉朝是个致命的打击，同时也就了一批英雄人物，除了杨奉之外，曹操、刘备、孙坚、公孙瓒等一些英雄在黄巾之乱中也逐一地崭露头角，展示了非凡的军事才能。
黄巾之后，一些在黄巾之乱中卓有战功的，都被封了官，例如曹操被封为都校尉，领东郡太守，但，一个月后曹操弃官归隐，两个月后，曹操又被朝廷征召为议郎。刘备则是平原县令，孙坚也被封为封为都校尉，领长沙太守，其余各有封赐，杨奉的姨父丁原也因平定并州黄巾有功，被灵帝封为骑都尉领并州牧。
三国历史上的并州牧应该是董卓，但是历史却生了一些变化，使得丁原终于彻底占据了并州，而董卓却被封为了凉州牧，其他的各州的州牧分别是冀州牧王芬、青州牧龚景、益州牧刘焉、荆州牧王荆、扬州牧刘繇、豫州牧黄琬、徐州牧陶谦、衮州牧刘岱、雍州牧杨彪（杨赐之子）、幽州牧刘虞。
八月的时候，灵帝为了增加京师的力量，又在洛阳设了西园八校尉，以小黄门蹇硕为上军校尉，新任的虎贲中郎将袁绍为中军校尉，屯骑校尉鲍鸿为下军校尉，议郎曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，谏议大夫夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉，各校尉皆统归于蹇硕。
灵帝自黄巾之起，便可是不得不留心戎事；蹇硕此人颇为壮健，而且武艺高强，灵帝亲自任命此人，即便是大将军何进也不能直接命令蹇硕，自此禁卫军的大半都归蹇硕统领，已隐隐能与何进分庭抗礼了，何进受此之挫后也学会了韬光养晦，暗中却在积聚力量，准备在适当的时候奋力一击。
就在这些事情逐一生的时候，远在北海的杨奉也开始暗中思量，现在距离何进被杀，董卓进京的日子应该不远了，天下即将大乱，青州粮草虽多，然地处偏僻，人口稀少，兵员不足。再说，现在的历史已经生了重大变化，本不该成为并州牧的丁原抢了应该是董卓的并州牧，并州看来不会脱离丁原的掌控了。
倘如两州相连，实力将会大增，但事实并非如此，青并两州中间隔了一个偌大的冀州。冀州牧虽然现在是王芬，董卓进京之后就会落到韩馥手中，最终还会落到颇有雄才的袁绍手中，到时两州尾不得相连，彼此无法救应，如何能与曹操、刘备、孙坚等人争雄天下。
而且，如按果按照原来的历史进展，丁原将会在和董卓的争斗中被吕布杀害，虽说自己早已经写信告诉过丁原千万不要进京任执金吾一职，同时要防备吕布，只是不知道丁原会不会听从自己这在他看来只是毫无根据的猜测。
正在头痛之时，杨奉又想到公元一九三年六月，黄巾大将管亥将会兵困北海城，那时的管亥已是无处可去，以自己目前的实力，加上上次的恩惠，应该可以招降管亥，便可坐领精兵十万，这样就可与天下群雄一较高下。杨奉想到此处，更是信心百倍。
这一天，孔融忽然得了一场重病，来得极为迅，眼看就不行了，以杨奉如此高的医术也无法完全治好孔融的病（其实就是现代医学上的癌症中晚期），只能暂时将病情压抑住。一旦过于劳累，病情再次复后，就连杨奉也没什么办法。孔融也知道自己的病情不再适合担任北海相这样过度操劳的职位，于是，孔融便向朝廷上表请辞，并推举杨奉继任北海相。
奏折到了洛阳之后，几乎没有费任何周折，灵帝便欣然同意了。
当然，在孔融的奏章到达洛阳之前，杨奉先行给何进去了一封信，在信中杨奉推荐徐荣为汉中太守。因为杨奉已经是汉中太守，所以不可能再成为北海相，唯一的办法就是辞去汉中太守的职务，接替的人自然必须是杨奉的心腹了。
杨奉曾是灵帝金口所举的方正，并且在黄巾之乱中以弱胜强打退了进攻北海的黄巾军，从而保全了整个青州。而且何皇后、大将军何进以及太尉袁槐都是一力赞成，灵帝便下令让徐荣接替杨奉的汉中太守，而杨奉则成为了北海相。
现在由于杨赐的去世，“清流”一派的势力大不如以前，现在何进和张让集团的斗争却是日趋激烈，再加上蹇硕新一派的异军突起，何进两面受敌，形势大不如以前。所以现在何进自然要大力扶植自己的势力，尤其是现在各地权利加大，他日一旦何进一声令下，命令他们率领大军进京勤王，张让、蹇硕岂可挡其锋锐。
所以杨奉是汉中太守还是北海相，对于何进来说都是无所谓，何进要的是杨奉的忠心。而杨奉当然很会在何进面前表明自己的忠心了，这也就是为何何皇后、大将军何进以及太尉袁槐极力赞同徐荣和杨奉分任汉中和北海相的原因了。并且，为了表示自己对杨奉的“信任”，何进还“故作大方”，将杨奉当初留在洛阳的一万精兵全部还给杨奉，但杨奉并未让庞德和成廉到北海，而是将他们派去了汉中。
就在朝廷下令的几天后，北海城内百姓齐聚北海相府，要为孔融送行。杨奉深知对于癌症患者，在后世便是无药可医，在这个三国时代，更是不可治愈。但是，心情的好坏对病情的恶化还是缓解会起到很重要的作用，是以杨奉建议孔融选择一块自己喜欢的地方，做一些自己喜欢的事情，或许对他的病情会有很大帮助。孔融也得知杨奉曾师从左慈，加之其来到北海之后的所作所为皆是出人意表，是以便接受了杨奉的建议。
孔融在任期间，爱民如子，深受北海国百姓的爱戴，所以在孔融归隐的当天，几乎整个北海的百姓，无论男女老幼都来相扶相送，场面极为壮观，十分感人。更令杨奉深深感到，如果要想得到百姓的爱戴，先自己要对老百姓有所付出，要想百姓之所想，知百姓之所需，勤政爱民，方能得到民心。
杨奉接任北海相后，十分注重农业的展，推出了一系列的政策，鼓励百姓开垦荒地，并且亲自下地带头耕作，还下令减少租税，很快就赢得了百姓的爱戴。杨奉还贴出告示，招募流民，凡是来到北海逃荒的难民，都可获得一份土地，并且由政府无条件租牛给这些难民，收成之后，其所收获的粮食只需上缴四成，六成留给自己。这个条件比历史上曹操的屯田制更有利于难民的生活，因为曹操的屯田制规定，若是租用政府的耕牛则需要上缴六成的收成。
告示一经贴出，青州其他郡县的流民顿时纷纷都来北海。流民的大量涌入，使得杨奉现自己犯了一个很大的错误，因为要对这些流民进行安置，并且要先借给他们粮食，将生活暂时安顿下来，不然一旦闹起事来，后果太可怕了，好在孔融为官清正，囤积了大量的粮食和钱财，才解了杨奉的这次围。
也就是因为这次的事情，使得周围残余的黄巾军大是眼红，这便有了管亥率军进行北海取粮的事情。
虽然明知北海的太守是赫赫有名的杨奉，并且对自己有恩，但是迫于生计，加上自己手下有二十万之众，青州的守军毕竟只有两万人，管亥才决定兵指青州，一来为张角报黄巾覆灭之仇，教训杨奉一顿，二来借粮，为何是借，因为杨奉于管亥有恩，即使真的攻破北海，管亥也会约束手下，不得妄杀，更不能加害杨奉，取了粮食便立即退兵，这是后话，暂且不提。
有了汉中的经验，杨奉知道内政人才是越多越好，于是杨奉贴出告示招纳人才，不拘一格，不论出身，只要有才即可被授以重用，和曹操的唯才是举同出一辙。但是，许多天过去了，竟然没有一个人前来报名，这使得杨奉十分郁闷，也难怪，毕竟大家对这位新任的北海相不太了解，所以都不敢贸然一试。
好在杨奉手下有田丰和郭嘉两人，虽然说是两人其实几乎所有北海的事务都是田丰一人处理，郭嘉则每日到处闲逛。杨奉知道郭嘉最擅长的是军事，而非内政，也就不勉强于他，而田丰则是内政和军事的混合人才，在目前缺乏内政人才的情况下，只好让田丰先行顶上了，好在田丰也是任劳任怨。
在军队的改革上，杨奉严格约束军队，将二十一世纪一些军队的规章制度，用在了北海军队上，效果大大不一样，令郭嘉等人深深佩服主公才智，庆幸自己找到了明主，北海军也很快被训练成了一支铁血部队。
杨奉还把21世纪那种高强度，高质量的测试方法拿出来，让北海两万士兵一起参加试训，表现突出的士兵，对其再加以观察，如果全面合格才能入选进入代号为黑甲骑的重骑兵团，黑甲骑的士兵浑身上下皆被黑甲覆盖，并根据古罗马盔甲的样式，在其头盔上加上活动眼罩，可防弓箭，手背也有黑甲防护，所骑马匹也以特殊黑甲覆盖，手拿也是用特别的钢材打造的黑色钢枪，极为锋利，所以称为黑甲骑。
这是杨奉根据公孙瓒的“白马铁卫”而得到的启示，黑甲骑的训练力度也是极强、极苦的，但是效果却非常好，并且黑甲骑的战斗力要比公孙瓒的白马铁卫要强上数倍，可以算得上是除了旋风骑和陷阵营之外杨奉的又一秘密武器。大家早些日子对这些训练手段已有所接触过，所以对杨奉提出的黑甲精骑也不十分奇怪。