李霸天回到了原宇宙，现原宇宙才过去了1年半。他在《星际穿越》的世界里面缺过去了15年。他这是第一次这样。以前穿越其他时空，时间并没有扭曲。他绝对和罗柔柔一起魂穿《黑客帝国》，于是故事开始了：
李霸天和罗柔柔是一对恩爱的夫妻，他们都是优秀的黑客，喜欢探索网络世界的奥秘。他们经常接受各种黑客任务，挑战各种高难度的系统。他们也有着自己的黑客代号，李霸天叫做必应（bing），罗柔柔叫做小狐狸（Fox）。
有一天，他们接到了一个神秘的任务，要求他们入侵一个叫做“矩阵”的系统，并且找到一个叫做“先知”的人。任务的起者是一个叫做“墨菲斯”的黑客，他声称“矩阵”是一个控制人类思想的虚拟世界，而“先知”是一个可以预知未来的人。墨菲斯说，他正在寻找一位传说中的“救世主”，他相信必应和小狐狸就是他要找的人。
必应和小狐狸对这个任务感到好奇和兴奋，他们决定接受挑战，并且跟随墨菲斯的指引，进入了“矩阵”。他们现，“矩阵”是一个模拟了1999年的人类社会的虚拟世界，而他们在这个世界中有着不同的身份和外貌。必应变成了一个叫做托马斯·安德森（thomasa。anderson）的电脑工程师，小狐狸变成了一个叫做崔妮蒂（trinity）的黑客。
他们在“矩阵”中遇到了墨菲斯和他的团队，他们告诉必应和小狐狸，真实的世界已经被机器人所占领和统治，人类被当作能量来源而被囚禁在一种液体中。为了让人类不知道真相，机器人创造了“矩阵”这个虚拟程序，并且通过植入人类脑后的连接器，让人类感觉到虚拟世界中的一切都是真实的。墨菲斯说，他们是从“矩阵”中觉醒并解放出来的一群人，他们相信有一个能够摧毁“矩阵”并拯救人类的“救世主”，而必应和小狐狸就是这个“救世主”的转世。
必应和小狐狸对这个惊人的真相感到震惊和不可思议，他们难以接受自己过去所认识的世界都是假的。墨菲斯说，只要他们相信自己，并且看穿“矩阵”的本质，就可以在虚拟世界中改变物理定律，并且对抗机器人派出来追捕他们的特务。特务是一种可以随意变换身份和外貌，并且拥有强战斗能力和扭曲现实能力的程序。特务中最强大也最残忍的一个叫做史密斯（agentsmith），他对必应和小狐狸有着强烈的敌意和仇恨。
必应和小狐狸在墨菲斯的指导下，开始了他们的训练和冒险。他们通过连接器进入和退出“矩阵”，并且在真实世界中乘坐一艘叫做“复仇号”的飞船，躲避机器人的追杀。他们在“矩阵”中拜访了“先知”，她是一个看似普通的老妇人，但是却能够预知未来的展。她告诉必应和小狐狸，他们必须面对自己的选择和命运，才能成为真正的“救世主”。
在一次行动中，必应和小狐狸被史密斯和其他特务围攻，墨菲斯为了保护他们而被俘虏。必应和小狐狸回到真实世界后，现墨菲斯仍然和“矩阵”连线着，而特务正试图用各种手段逼迫墨菲斯泄露他们所在的地点。必应和小狐狸决定再次进入“矩阵”，救出墨菲斯。他们成功地打败了特务，并且带着墨菲斯返回了真实世界。
在返回的过程中，必应被史密斯射杀，昏迷不醒。小狐狸紧紧地抱着必应，并且深情地吻了他。她说，她爱他，并且相信他就是“救世主”。在真实世界中的感情触动了必应，他奇迹般地苏醒了，并且重新进入了“矩阵”。这时候，必应已经完全相信自己是“救世主”，并且能够看到“矩阵”的代码。他用自己的能力入侵了史密斯的程序，并且将其摧毁。其他的特务见到这一幕，都惊恐地逃走了。必应最后也安全地回到了真实世界。
在故事的结尾，必应在“矩阵”中用电话亭给机器人打电话，告诉它们他将要解放所有被囚禁的人类，并且摧毁“矩阵”。然后，他飞向天空，展现出他无与伦比的力量。故事在《黑客帝国2：重装上阵》中继续展。
故事2：
必应和小狐狸在救出墨菲斯后，成为了人类反抗军的英雄。他们继续在真实世界和“矩阵”中与机器人作战，试图找到一个能够彻底摧毁“矩阵”的方法。他们也现，史密斯并没有被必应完全消灭，而是变成了一个能够自我复制和感染其他程序的病毒，他的目标是控制整个“矩阵”，甚至是机器人的世界。
必应和小狐狸再次拜访了“先知”，她告诉他们，要想结束这场战争，必应必须去找到一个叫做“建筑师”的人，他是“矩阵”的创造者和管理者。她说，必应不是第一个“救世主”，而是第六个。在他之前，还有五个“救世主”都曾经到达过“建筑师”的面前，但是他们都没有能够摧毁“矩阵”，而是选择了重启“矩阵”，并且挑选一部分人类重新开始新的一轮循环。她说，必应必须做出一个不同的选择，才能改变人类和机器人的命运。
必应和小狐狸在墨菲斯和其他反抗军的帮助下，成功地找到了“建筑师”的所在地。但是，在进入之前，他们遭到了史密斯的伏击。史密斯用自己的程序感染了小狐狸，并且威胁必应，如果他不放弃进入“建筑师”的计划，就会杀死小狐狸。必应无法忍受失去小狐狸，他决定放弃去见“建筑师”，而是回到真实世界，试图救回小狐狸。
必应回到真实世界后，现小狐狸已经濒临死亡。他用自己的力量将史密斯的程序从小狐狸的身体中清除，并且用自己的爱唤醒了她。他们拥抱在一起，并且感谢彼此的存在。但是，在这个时候，机器人已经现了他们的飞船，并且动了攻击。必应和小狐狸只能眼睁睁地看着飞船被击中，并且坠落到地面。
故事在《黑客帝国3：矩阵革命》中继续展。
故事：必应和小狐狸在飞船坠落后，奇迹般地幸存了下来。他们被另一艘飞船救起，并且被带到了人类的最后一个基地，锡安（Zion）。他们在那里见到了墨菲斯和其他反抗军的领导人，他们告诉必应，机器人已经现了锡安的位置，并且正在准备动最后的攻击。他们说，如果必应不能找到一种方法来停止机器人，那么人类就会灭亡。必应决定再次进入“矩阵”，寻找“先知”的帮助。他在“矩阵”中遇到了史密斯，他已经变得无法控制，甚至连机器人都无法阻止他。史密斯说，他和必应是互相对立的两个力量，他们的命运是相互消灭。他说，只有一方死亡，才能结束这场战争。必应拒绝了史密斯的挑战，并且继续寻找“先知”。必应找到了“先知”，她告诉他，要想结束这场战争，必应必须去找到一个叫做“机器之城”的地方，那里是机器人的根源和核心。她说，必应必须和机器人的领导者进行谈判，并且提出一个能够让双方都满意的方案。她说，这是必应唯一的选择，也是他的命运。必应听从了“先知”的建议，并且准备去寻找“机器之城”。他告别了小狐狸，并且让她留在锡安，保护人类的最后一线防御。他乘坐一艘飞船，在墨菲斯和其他反抗军的掩护下，穿越了机器人的重重包围，到达了“机器之城”的入口。他用连接器进入了机器人的网络，并且请求和机器人的领导者见面。机器人的领导者是一个巨大的金属球体，它有着无数的触手和眼睛。它问必应，他为什么要来这里，并且说它已经见过五个“救世主”，都是“建筑师”设计出来的程序，用来平衡“矩阵”的稳定性。它说，必应不过是一个错误而已，并且没有任何价值。它说，它已经决定要摧毁锡安，并且消灭所有的人类。必应说，他不是一个错误，而是一个选择。他说，他不是为了自己而来，而是为了所有被困在“矩阵”中的人类而来。他说，他愿意和机器人达成一个协议，如果机器人能够停止攻击锡安，并且让所有想要离开“矩阵”的人类自由选择自己的命运，那么他就愿意为此付出自己的生命，并且帮助机器人消灭史密斯。机器人领导者对必应的提议感到惊讶和好奇。它问必应，为什么他要做出这样一个牺牲，并且如何能够消灭史密斯。必应说，因为他爱着小狐狸，他愿意为了她和其他人类的幸福而牺牲自己。他说，史密斯是他的对立面，他们之间有着一种连接，只有他才能够结束史密斯的存在。机器人领导者经过一番思考，同意了必应的提议，并且将必应送回到“矩阵”。必应回到“矩阵”后，现史密斯已经感染了整个虚拟世界，所有的人和物都变成了他的复制品。必应和史密斯展开了一场激烈的战斗，他们在空中和地面上互相攻击，造成了巨大的破坏。必应用尽了自己的力量，但是仍然无法打败史密斯。史密斯嘲笑必应，说他是一个失败者，一个无用的人。必应说，他不是为了赢而战，而是为了选择而战。他说，他选择了自己的命运，并且相信自己的选择。他说，他不会放弃，也不会屈服。他说，他就是必应。说完这些话后，必应让史密斯感染了自己，并且用自己的程序覆盖了史密斯的程序。这样一来，史密斯就失去了自我，并且被消灭了。同时，所有被史密斯感染的人和物也恢复了原样。必应完成了自己的使命，并且牺牲了自己的生命。机器人领导者遵守了它和必应之间的协议，并且停止了对锡安的攻击。它还释放了所有被囚禁在“矩阵”中的人类，并且让他们自由选择自己的命运。它还向必应表示了敬意，并且说它会记住必应。小狐狸在锡安得知必应牺牲了自己后，感到悲痛和心碎。她哭着说，她爱着必应，并且感谢他为人类所做的一切。她说，她会永远记住必应，并且希望有一天能够再次见到他。故事在这里结束。